Hai vương quốc của vi khuẩn là Archaebacteria và Eubacteria. Hai vương quốc trước đây được phân loại thành một vương quốc, Monera, nhưng hai loại vi khuẩn đã cho thấy đủ sự biến đổi để đảm bảo phân loại lại thành hai vương quốc riêng biệt.
Mặc dù cả Vi khuẩn cổ và Vi khuẩn Eubacteria đều là sinh vật nhân sơ, nghĩa là chúng không có cấu trúc liên kết màng gọi là bào quan, nhưng hai vương quốc có rất nhiều điểm khác biệt đến nỗi mỗi giới thuộc một miền riêng biệt. Bốn vương quốc khác, sinh vật nguyên sinh, nấm, thực vật và động vật, thuộc về một miền duy nhất.
Vi khuẩn Archaebacteria bao gồm các sinh vật sống trong môi trường thù địch như suối nước nóng, nước mặn và các lỗ thông hơi ở biển sâu. Eubacteria bao gồm những vi khuẩn quen thuộc hơn với con người. Vi khuẩn lam, hay tảo xanh lam, thuộc bộ vi khuẩn Eubacteria. Các vi khuẩn Eubacteria khác gây ra các bệnh cho con người như viêm họng và ngộ độc thịt.
