Felix Dujardin đã có đóng góp lớn nhất cho lý thuyết tế bào khi ông đề xuất phân loại một loại sinh vật đơn bào mới mà ông gọi là rhizopoda. Loài rhizopoda của Felix Dujadin ngày nay được gọi là sinh vật đơn bào.
Felix Dujardin cũng nổi tiếng với công trình bác bỏ lý thuyết của Christian Gottfried Ehrenburg rằng các sinh vật cực nhỏ có các cơ quan có chức năng tương tự như các cơ quan của động vật có xương sống. Khi nghiên cứu về foraminifera, Felix Dujardin cũng phát hiện ra một cấu trúc sống vô hình mà ông đặt tên là mỉa mai nhưng chúng ta biết ngày nay là nguyên sinh chất. Ông cũng nổi tiếng với những nghiên cứu trên phạm vi rộng về các nhóm động vật không xương sống, chẳng hạn như da gai, cnidarian và giun sán.
