Hầu hết san hô ăn thực vật phù du, là thực vật và tảo chảy qua nước. Ấu trùng động vật không xương sống, chất hữu cơ phân hủy và sinh vật phù du trôi nổi cũng là nguồn thức ăn phổ biến. Vi khuẩn từ xác thực vật chết, chất nhầy và các nguồn khác được san hô ăn và một số san hô lớn ăn cá nhỏ.
Phần lớn chất dinh dưỡng của san hô có nguồn gốc từ ánh sáng mặt trời vào ban ngày. San hô là sinh vật sống về đêm và chúng kiếm ăn vào ban đêm. Nhiều loài san hô sử dụng các cơ quan được gọi là tế bào nang để phóng ra các sợi tơ bắt mồi và đưa chúng trở lại các xúc tu. Một số loài san hô gửi ra các sợi chất nhầy để thu thập các chất hữu cơ hòa tan hoặc phân hủy trong khu vực. Một số loài san hô sống ở rạn san hô có thể kéo dài các sợi tơ từ khoang dạ dày của chúng, cho phép chúng bắt và tiêu hóa các sinh vật biển nhỏ. San hô sống thành đàn có thể truyền thức ăn cho nhau, chia sẻ chất dinh dưỡng.
Trong điều kiện nuôi nhốt, tảo Zooxanthellae là thức ăn chính quan trọng cho san hô. Ngoài ra, nhiều loài san hô ăn thức ăn tiêu chuẩn của cá, chọn những gì chúng thích và để lại thức ăn không mong muốn. Một số loại thức ăn phổ biến khác cho san hô trong bể là tôm mysis, tôm ngâm nước muối, động vật chân đốt và động vật chân đốt. Chế độ ăn này có thể được bổ sung với ngao, sinh vật phù du rã đông, thực vật phù du, nhuyễn thể, mực, tôm và cá mảnh. Điều quan trọng là tránh cho san hô ăn quá nhiều thức ăn, vì điều này có thể làm tăng mức nitrat.
