Chức năng chính của phổi chuột là hỗ trợ hô hấp. Quá trình thở được thực hiện thông qua quá trình hô hấp, trong đó không khí đi vào cơ thể qua mũi hoặc miệng, đi xuống khí quản và vào phế quản của phổi .
Các phế nang, các nhánh nhỏ của phế quản, được thiết kế đặc biệt để thực hiện trao đổi khí ở cấp độ tế bào. Oxy trong phế nang đi vào máu thông qua sự khuếch tán, và carbon dioxide đi vào phổi. Khí cacbonic này sẽ được thải ra ngoài khi chuột thở ra.
Phổi được bao quanh bởi các xương sườn và cơ hoành. Cơ hoành co lại trong quá trình truyền cảm hứng, tạo ra áp suất âm và kéo không khí vào phổi. Khi cơ hoành giãn ra, hiện tượng hết hạn xảy ra.
