Chế độ ăn kiêng Tiến sĩ Pepper có chứa caffeine, một lượng lớn không tốt cho sức khỏe. Tiêu thụ từ bốn đồ uống có chứa caffein trở lên mỗi ngày có thể gây ra các tác dụng phụ, chẳng hạn như khó chịu ở dạ dày, run cơ và nhịp tim không đều. Những người nhạy cảm với caffeine có thể bị đau đầu và mất ngủ khi dùng một lượng nhỏ caffeine.
Chế độ ăn kiêng Tiến sĩ Pepper cũng chứa aspartame, một chất làm ngọt nhân tạo thường được sử dụng trong nước ngọt, thực phẩm chế biến sẵn và thuốc. Đã có những nghiên cứu liên kết aspartame với một số bệnh ung thư, nhưng Cục Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ đã không tìm thấy những nghiên cứu này là kết luận. Tuy nhiên, bệnh nhân bị phenylketon niệu nên tránh dùng aspirin vì nó có chứa phenylalanin.
