Các vùng nước chính ở Missouri bao gồm sông Missouri, sông Mississippi, hồ Ozarks, sông hiện tại, sông Chariton và hồ Taneycomo. Các vùng nước đáng chú ý khác là Hồ Pomme de Terre và Hồ Đá Bàn.
Sông Mississippi là con sông dài nhất ở Hoa Kỳ. Nó tạo thành ranh giới của Missouri với Illinois, Kentucky, Tennessee và một phần của Iowa. Con sông đã tạo điều kiện thuận lợi cho giao thông và cung cấp nước cũng như năng lượng thủy điện cho cư dân Missouri trong nhiều thập kỷ.
Sông Missouri là con sông dài thứ hai ở Hoa Kỳ. Nó băng qua tiểu bang theo hướng tây sang đông và nhập vào sông Mississippi tại St. Louis. Missouri, có biệt danh là "Big Muddy" vì nước đục của nó, đã là con đường dẫn lối cho các nhà thám hiểm và những người tiên phong trong hàng trăm năm. Các nhánh của Missouri bao gồm Cheyenne, Osage, Platte, Milk và White river. Nó đổ ra Vịnh Mexico qua Mississippi.
Hồ Ozarks là một hồ nhân tạo được tạo ra thông qua đập của sông Osage. Hồ chứa không chỉ là nơi có Đập Bagnell, nơi cung cấp năng lượng thủy điện mà còn là một khu vui chơi giải trí nổi tiếng thu hút du lịch.
