Nguồn của sông Missouri nằm tại Brower Spring tại nguồn của nhánh sông được gọi là sông Jefferson. Brower's Spring được phát hiện ở Dãy núi Centennial bởi Jacob V. Brower vào những năm 1890.
Nguồn của sông được định nghĩa là điểm xa nhất trên sông so với điểm cuối của nó. Tuy nhiên, khi Lewis và Clark đến khu vực mà ngày nay là Công viên Bang Missouri Headwaters, Lewis quyết định rằng không có cái nào trong 3 cái nĩa vượt trội hơn những cái khác và nói rằng vị trí ở 3 cái nĩa là nguồn gốc của Missouri. Do đó, việc xác định nguồn gốc của sông Missouri yêu cầu Quỹ Di sản Đường mòn Lewis và Clark xác định nhánh nào trong số ba nhánh sông dài nhất.
