Eubacteria được chia thành bốn loại chính, đó là vi khuẩn gram dương, proteobacteria, cyanobacteria và xoắn khuẩn. Eubacteria phổ biến hơn nhiều so với vi khuẩn khảo cổ, là những thành viên có quan hệ họ hàng gần gũi với bộ phận prokaryote. Vi khuẩn sống ở nhiều khu vực trên thế giới, bao gồm cả một số môi trường khắc nghiệt và khắc nghiệt nhất.
Nhiều vi khuẩn chỉ có thể phân biệt được ở cấp độ tế bào phức tạp nhất. Vi khuẩn gram dương được xác định và phân loại dựa trên một kỹ thuật gọi là nhuộm gram. Phương pháp này liên quan đến việc phát hiện khối lượng peptidoglycan tồn tại trong thành tế bào của những sinh vật này. Nếu chất này có mặt, thuốc nhuộm đặc biệt sẽ chuyển thông tin đó lại cho các nhà nghiên cứu, sau đó họ có thể phân loại sinh vật là gram dương. Những vi khuẩn này độc hại nhưng không gây chết người. Ở người, chúng gây ra các bệnh như viêm họng và nhiễm trùng đường hô hấp. Proteobacteria bao gồm các loại vi khuẩn phổ biến và hoạt động mạnh nhất. Một loại vi khuẩn proteobacteria là vi khuẩn đường ruột, bao gồm cả loài E. coli. Nhóm vi khuẩn này bao gồm các sinh vật cố định nitơ bằng cách chuyển đổi khí thành các chất sau đó được sử dụng để tạo ra axit amin và axit nucleic. Vi khuẩn lam bao gồm các sinh vật sản xuất oxy và thực hiện nhiệm vụ quang hợp. Những vi khuẩn này thường được gọi là tảo xanh lam, và chúng xuất hiện trong các hồ, suối và các vùng nước khác. Cuối cùng, xoắn khuẩn là vi khuẩn hình xoắn ốc tồn tại ở dạng hiếu khí và kỵ khí.
