Các sinh vật có quan hệ họ hàng gần thường có chung cấu trúc cơ thể giống nhau, mặc dù có lối sống khác nhau. Lời giải thích đơn giản nhất cho những điểm tương đồng như vậy là cả hai loài đều có chung một tổ tiên với các đặc điểm giống nhau. Điều này đôi khi được xác minh bởi hồ sơ hóa thạch.
Sự tương đồng về mặt giải phẫu giữa các nhóm sinh vật khác nhau, một số sinh vật sống trong môi trường khác với những nhóm sinh vật khác, ủng hộ mạnh mẽ lý thuyết về nguồn gốc chung. Ví dụ, cá heo sống như những loài cá săn mồi lớn, nhưng bề ngoài chúng giống cá. Giống như tất cả các động vật có vú có nhau thai, cá heo có phổi và xương hàm đơn giản và cử chỉ bên trong con non của chúng. Lời giải thích đơn giản nhất cho những điểm tương đồng này với chó, mèo và động vật linh trưởng là cá heo có quan hệ họ hàng gần với các loài động vật có vú khác hơn là với loài cá mà chúng sống cùng. Một ví dụ khác về giải phẫu tương tự giữa các loài là chi tứ phân. Hình thức cơ bản của cấu trúc này là một xương dài duy nhất gắn vào vai ở một đầu và khuỷu tay ở đầu kia. Bên dưới khuỷu tay, hai xương nhỏ hơn kéo dài đến cổ tay, kết thúc bằng các xương nhỏ cho ngón tay và ngón chân. Cấu trúc này phổ biến ở các loài động vật có vú, chim, bò sát và lưỡng cư, nhưng chưa biết ở các động vật không xương sống. Lời giải thích ngắn gọn nhất về thực tế này là tất cả các loài động vật bốn chân đều có nguồn gốc từ động vật có các chi tương tự nhưng côn trùng thì không.
