Nhuộm gram trực khuẩn Subtilis là một cách để kiểm tra xem bệnh nhân có bị nhiễm vi khuẩn này hay không. Bacillus Subtilis là một nội bào tử.
Theo Textbook of Bacteriology, trực khuẩn Subtilis chống lại sự phá hủy và nhuộm màu, có nghĩa là nó giữ thuốc nhuộm được đặt vào cơ thể bệnh nhân và vẫn có thể nhìn thấy trong các xét nghiệm sau khi nhuộm nhưng rất khó để bắt đầu nhuộm. Do khả năng phân biệt giữa bệnh và nhiễm trùng thông qua thuốc nhuộm, một số quy trình hấp hối, như phương pháp nhuộm Schaeffer-Fulton, có thể phân biệt giữa nội bào tử và những thứ như túi bào tử hoặc tế bào sinh dưỡng. Nội bào tử có khả năng chống lại hóa chất và nhiệt cao.