Ba loại sinh vật nguyên sinh khác nhau là sinh vật nguyên sinh, tảo và sinh vật giống nấm. Những loại này được phân loại không chính thức theo cách chúng thu nhận dinh dưỡng. Tất cả sinh vật nguyên sinh đều là sinh vật nhân chuẩn.
Sinh vật nguyên sinh có thể là đơn bào, thuộc địa hoặc đa bào. Mỗi loại protist có các khu vực hoặc bộ phận riêng của nó. Động vật nguyên sinh giống động vật. Vi khuẩn và các sinh vật đơn bào khác là con mồi điển hình cho động vật nguyên sinh. Một số ví dụ về động vật nguyên sinh là muỗi và amip. Tảo có khả năng quang hợp và được nhóm lại thành các bộ phận tùy thuộc vào sự tương đồng về sắc tố. Một vài ví dụ về tảo là rau diếp biển và tảo bẹ. Các sinh vật giống nấm thường có màu sắc rực rỡ và lấy dinh dưỡng bằng cách hấp thụ chất dinh dưỡng từ môi trường của chúng.
