Nhiễm sắc thể được phát hiện lần đầu tiên vào năm 1842 bởi nhà thực vật học người Thụy Sĩ Karl Wilhelm von Nageli. Tên "nhiễm sắc thể", nghĩa là "cơ thể có màu", do Edouard van Beneden đặt ra vào năm 1888.
Trong khi von Nageli là người đầu tiên xác định các cơ thể dạng chuỗi trong nhân tế bào, ông đã giả định không chính xác rằng chúng tạo thành một mạng lưới liên kết với nhau trong toàn bộ sinh vật. Anh không thể biết được vai trò của chúng đối với sự di truyền, vì cơ chế phân chia tế bào vẫn chưa được hiểu vào thời điểm đó. Von Nageli trở nên nổi tiếng trong lịch sử khoa học với tư cách là người đã ngăn cản Gregor Mendel tiếp tục công việc đột phá do di truyền.
