Mực India, Congo red và Eosin có thể được sử dụng làm thuốc nhuộm thay thế cho Nigrosin để nhuộm âm tính. Mực India hoạt động tốt, nhưng các hạt nhỏ của nó gây ra chuyển động Brown, khiến việc xác định vi khuẩn trở nên hơi khó.
Vết bẩn âm tính không làm vết bẩn tế bào vi khuẩn mang điện tích âm mà là nền xung quanh tế bào. Dưới kính hiển vi, các tế bào xuất hiện như những đường viền không màu trên nền tối. Phương pháp nhuộm này được sử dụng để nghiên cứu các mẫu vật không được cố định bằng cồn hoặc nhiệt để có thể nhìn thấy tế bào sống.
Một số vi khuẩn có cấu trúc ngoài tế bào được gọi là viên nang, dễ bị tiêu diệt bằng cách rửa và đun nóng. Để xác định xem vi khuẩn trong mẫu có viên nang hay không, một kỹ thuật nhẹ sử dụng nhuộm âm tính được áp dụng.
