Thân não kiểm soát một số quá trình cơ bản của cơ thể cần thiết cho sự sống. Theo Brain-Guide.org, thân não có chức năng như một bộ máy lái tự động cho cơ thể con người, vì nó điều chỉnh các hoạt động như thở, tiêu hóa, nhịp tim, huyết áp và kích thích. Ngoài ra, thân não, nằm ở ngã ba của tủy sống, đóng vai trò như một ống dẫn thông tin và hướng dẫn đi qua.
Brain-Guide.org giải thích rằng ba thành phần chính tạo nên thân não. Các ống tủy điều khiển một số hành động phản xạ. Chúng bao gồm ho, nuốt và nôn mửa. Ngoài ra, tủy sống còn đóng vai trò như một hệ thống chuyển tiếp, và nó đóng một phần lớn trong việc truyền các xung thần kinh đến và đi từ não. Cuối cùng, tủy sống kiểm soát các chức năng tim, thở và vận động.
Các trung tâm phản xạ thính giác và thị giác của cơ thể nằm trong một phần của thân não được gọi là não giữa. Brain-Guide.org nói rằng pons, phần thứ ba và cuối cùng của thân não, chứa trung tâm hô hấp, điều khiển phản xạ thở của cơ thể. Các pon cũng đóng vai trò như một trung tâm chuyển tiếp khác, mang các xung động đến và đi từ não. Các pons mang các thông điệp giữa tủy sống và các phần nâng cao của não, được gọi là cấu trúc vỏ não cao hơn.
