Tòa án dị giáo Tây Ban Nha xảy ra vì các quốc vương của Tây Ban Nha muốn đảm bảo rằng những người chuyển đổi sang Cơ đốc giáo từ Do Thái giáo hoặc Hồi giáo là thành thật và bất kỳ ai bị cho là không thành tâm sẽ bị trừng phạt. Theo báo cáo của Tạp chí Công giáo và Thư viện Ảo Do Thái, thời kỳ này được nhiều người coi là thời kỳ xấu xí vì các phương pháp được sử dụng để thẩm vấn những người cải đạo chứa đầy những hành động bạo lực tàn nhẫn.
Vì có quá nhiều người buộc phải cải sang Cơ đốc giáo để cứu mạng sống của họ, nên Tòa án dị giáo Tây Ban Nha cho phép những người cai trị xác định xem những người theo đạo Cơ đốc mới chuyển đổi có còn thực hành tín ngưỡng cũ của họ hay không và kéo dài trong 354 năm. Các nạn nhân chính là người Do Thái, Hồi giáo và Tin lành. Tòa án dị giáo Tây Ban Nha đã không kết thúc cho đến năm 1834.