Các rạn san hô đang bị đe dọa do nhiệt độ toàn cầu tăng cao, ô nhiễm và đánh bắt quá mức. Người ta ước tính rằng khoảng 1/5 tất cả các rạn san hô trên hành tinh đã bị phá hủy. Những cái còn lại có khả năng biến mất vào năm 2050.
Hiện tượng nóng lên toàn cầu là một vấn đề nghiêm trọng đối với các rạn san hô, vào năm 2005, người ta ước tính rằng 50% rạn san hô ở Florida và gần 90% rạn san hô ở Quần đảo Virgin thuộc Hoa Kỳ đã chết sau nhiều tuần nhiệt độ nước tăng cao. Nhiệt độ tăng cao làm cho nước có tính axit đối với rạn san hô, khiến rạn san hô dễ bị bệnh và hư hại hơn.
Ô nhiễm có thể khiến rạn san hô bị hư hại và chết ngạt. Rác và trầm tích do ô nhiễm của con người có thể tích tụ xung quanh rạn san hô, khiến nó không nhận được chất dinh dưỡng cần thiết để tồn tại. Những thứ đơn giản, chẳng hạn như dây câu đã qua sử dụng dưới nước, có thể mắc vào rạn san hô, gây tổn thương và chết san hô.
Để chống lại những vấn đề này, Tổ chức Phục hồi San hô đang làm việc để xây dựng lại các rạn san hô đã bị hư hại hoặc phá hủy. Nền tảng có các vườn ươm dưới nước, nơi san hô non được phép trưởng thành ít nhất một năm trước khi được cấy vào các rạn san hô hiện có.
