Các bằng chứng về lý thuyết được giới hạn trong các hệ thống riêng của lôgic phân tích và toán học, trong khi khoa học giải thích tự nhiên như một tổng thể động. Các bằng chứng là cuối cùng và nhị phân - hai đặc điểm không thể tồn tại trong một thứ gì đó đang sống và thay đổi như khoa học. Ngoài ra, giả thuyết có thể bị làm sai lệch khi phát hiện ra bằng chứng mới.
Một lý thuyết được các nhà khoa học chấp nhận khi nó tồn tại như một lời giải thích tốt nhất trong số các lựa chọn thay thế khác, nếu có. Việc chấp nhận một lý thuyết phụ thuộc vào sự xuất hiện của một lý thuyết tốt hơn hoặc vào sự ngụy tạo của nó bởi bằng chứng mới. Ngay cả sự thật khoa học, được The Free Dictionary định nghĩa là một quan sát đã được xác nhận được chấp nhận là sự thật, cũng không phải là cuối cùng.
Mục đích của khoa học là giải thích bản chất và loại bỏ các lý thuyết đối thủ. Một số lý thuyết khoa học được chấp nhận rộng rãi hơn bởi vì chúng là những giải thích tốt nhất về một hiện tượng hoặc đơn giản là đáng tin cậy hơn. Tuy nhiên, độ tin cậy không phải là một tiêu chí khoa học thực sự.
Ngay cả khi một lý thuyết bị làm sai lệch, điều đó không nhất thiết có nghĩa là hiện tượng mà nó liên quan đến cũng được đưa vào câu hỏi. Ví dụ, lý thuyết về lực hấp dẫn là lời giải thích về cách thức hoạt động của lực hấp dẫn, nhưng nếu nó được phát hiện là thiếu sót, điều đó không có nghĩa là lực hấp dẫn hoàn toàn không tồn tại.
