Thuốc nhuộm cơ bản mang điện tích dương và hoạt động với các thành phần mô tích điện âm, trong khi thuốc nhuộm axit mang điện âm và thay vào đó hoạt động với các thành phần mô mang điện tích dương. Thuốc nhuộm cơ bản được tạo ra từ muối cation của bazơ màu và muối có tính axit bao gồm muối của axit hữu cơ sulfuric, phenol hoặc cacboxylic.
Thuốc nhuộm có tính axit thường được sử dụng trong phòng thí nghiệm như một bể nhuộm và có hiệu quả trong việc nhuộm màu hàng dệt vì chúng được tạo thành từ các sợi protein. Các loại thuốc nhuộm này bám dính tốt nhất với lông động vật như lông cừu hoặc lông alpaca. Thuốc nhuộm cơ bản hoạt động tốt hơn khi nhuộm các vật liệu tổng hợp như nylon, polyester, modacrylic và olefin.
