Bo mạch chủ ATX và BTX được chế tạo hơi khác nhau, với các khe cắm được đặt ở các khu vực khác nhau và khoảng cách giữa bo mạch chủ và khung PC tăng lên trong BTX. Về cách bố trí, bo mạch chủ BTX phản chiếu bo mạch chủ ATX. BTX cung cấp không gian để lắp đặt ở bên trái và không gian trống cho cáp ở bên phải và ATX được bố trí ngược lại.
Năm 2004, Intel công bố sự phát triển của bo mạch chủ BTX, nhằm thay thế tiêu chuẩn ATX vào thời điểm đó. BTX hứa hẹn cải thiện hệ thống thông gió bên trong để chống lại tốc độ xung nhịp cao hơn và nhiều thành phần tạo ra nhiều nhiệt hơn. Sự ra đời của bo mạch chủ BTX là một nỗ lực để chuẩn hóa các định dạng của bo mạch chủ nhỏ.
Do sự khác biệt về cách bố trí và cấu trúc giữa bo mạch chủ BTX và ATX, chúng không thể được lắp đặt trong các trường hợp hoán đổi cho nhau. Ngoài ra, bo mạch chủ BTX sử dụng khe cắm PCI Express với phích cắm 24 chân, trong khi ATX sử dụng phích cắm 20 chân.
ATX ra mắt vào năm 1995, nhưng phải mất hai năm để trở thành tiêu chuẩn. BTX không đạt được thành công bán lẻ tương tự, một phần do người dùng không quan tâm đến hệ thống làm mát cải tiến. Tuy nhiên, Dell và Gateway đều phát hành sản phẩm BTX.
