Mặc dù có một giả thuyết phổ biến cho rằng Stegosaurus có thể có hai bộ não, một bộ ở đầu và một bộ hướng về đuôi hoặc đuôi của nó, nhưng ý tưởng đó phần lớn đã bị mất uy tín trong ngành cổ sinh vật học. Một số nhà cổ sinh vật học có thể vẫn giữ lý thuyết này và cố gắng tìm cách để nó có thể đúng, nhưng nhìn chung, đây không phải là một ý tưởng được chấp nhận.
Các nhà khoa học từ lâu đã cho rằng Stegosaurus phải có một bộ não tương đối nhỏ so với kích thước của nó, có thể là gốc rễ của huyền thoại hai bộ não. Tuy nhiên, không có bằng chứng nào chứng minh cho ý kiến cho rằng loài khủng long này có một bộ não riêng biệt để điều khiển nửa lưng của nó.
