Siêu máy tính thực hiện một số tác vụ bao gồm dự đoán thời tiết, bảo mật hệ thống và thậm chí chơi và tạo điều kiện cho trò chơi. Siêu máy tính đặc biệt hữu ích trong các lĩnh vực khoa học.
Các siêu máy tính không thu hút được nhiều báo chí như trước đây, bởi vì các máy chủ hiện đại đủ mạnh cho một loạt các tác vụ. Tuy nhiên, siêu máy tính vẫn được sử dụng cho một loạt các nhiệm vụ. Ở Hoa Kỳ, siêu máy tính được sử dụng để bảo vệ vũ khí hạt nhân và một số người nghi ngờ rằng siêu máy tính của chính phủ được sử dụng để phá các vấn đề khó về mật mã.
Ngày nay, siêu máy tính thường được sử dụng cho các mục đích khoa học. Vì hệ thống thời tiết của Trái đất rất phức tạp, nên cần phải có siêu máy tính để thử nghiệm các phương pháp dự đoán thời tiết khác nhau. Tương tự, siêu máy tính được sử dụng để kiểm tra các mô hình của Vụ nổ lớn và các sự kiện khác được cho là xảy ra trong vũ trụ.
Định nghĩa về siêu máy tính đã thay đổi theo thời gian nhờ công nghệ xử lý phân tán. Deep Blue, một siêu máy tính chơi cờ do IBM tạo ra, đã đánh bại Garry Kasparov tại cờ vua vào năm 1996. Bởi vì máy tính ngày nay nhanh hơn rất nhiều so với những năm 1990, ngay cả một máy tính để bàn tiêu chuẩn cũng có thể đánh bại các đối thủ cấp cao nhất là con người. Cơ sở hạ tầng mạng phức tạp giúp việc tạo siêu máy tính trở nên đơn giản hơn trước đây vì việc thêm các nút mới vào hệ thống tương đối đơn giản.
