Sắc tố phụ là những sắc tố có trong lá thực vật không phải là diệp lục a giúp hỗ trợ quá trình quang hợp. Các sắc tố phụ hoạt động bằng cách mở rộng phạm vi bước sóng ánh sáng mà cây trồng hấp thụ. Các sắc tố phụ tạo cho cây có màu sắc độc đáo.
Chất diệp lục a là sắc tố hấp thụ ánh sáng cơ bản trong lá cây. Nó hấp thụ các bước sóng ánh sáng trong dải màu đỏ và xanh lam, đồng thời phản xạ lại các sóng xanh lục, khiến hầu hết các lá đều có màu xanh đặc biệt. Các sắc tố phụ khác nhau hấp thụ các bước sóng ánh sáng khác nhau. Carotenoid, sắc tố phụ phổ biến nhất, hấp thụ thêm các bước sóng màu xanh lam. Ngoài việc hỗ trợ tạo ra năng lượng từ quá trình quang hợp, các carotenoid còn bảo vệ chất diệp lục a khỏi bị hư hại do bức xạ ánh sáng quá nhiều. Chất diệp lục b, c và d, lycopene và phycobiliprotein là những sắc tố phụ bổ sung được tìm thấy trong một số loài thực vật.
Tảo và vi khuẩn lam, một sinh vật đơn bào sống trong nước và sử dụng quá trình quang hợp, chứa nhiều sắc tố phụ để tối đa hóa sản xuất năng lượng trong môi trường sống của chúng. Phycobiliprotein cho phép các sinh vật nước này hấp thụ hầu hết các bước sóng ánh sáng, bao gồm phần lớn dải màu xanh lục. Nhiều loài tảo và các loài thực vật nước khác có màu đỏ hoặc vàng do các sắc tố phụ độc đáo của chúng giúp hấp thụ các bước sóng ánh sáng truyền qua nước tốt nhất. Các sắc tố phụ cụ thể được tìm thấy trong cây nước giúp các nhà khoa học xác định các đặc điểm của hệ sinh thái tự nhiên của cây.
