Theo Cơ sở dữ liệu bò sát, phần lớn các loài rắn có 36 cặp nhiễm sắc thể. 20 nhiễm sắc thể được coi là vi nhiễm sắc thể, trong khi phần còn lại được gọi là nhiễm sắc thể vĩ mô. Tuy nhiên, thuật ngữ "rắn" đề cập đến hơn 3.400 loài khác nhau và nhiều loài chưa được nghiên cứu về karyotype của chúng, vì vậy có thể tồn tại một số biến thể.
Trái ngược với nhiều loài bò sát, chẳng hạn như cá sấu, rùa và một số loài tắc kè, giới tính của rắn được xác định bởi nhiễm sắc thể của chúng, thay vì điều kiện môi trường xung quanh những quả trứng đang phát triển. Tuy nhiên, rắn thể hiện mô hình ngược lại so với mô hình được chứng minh bởi con người. Trong khi con đực có giới tính dị hình, có nhiễm sắc thể X và Y, thì rắn cái là giới tính dị hình và có nhiễm sắc thể Z và W.
