Các enzym phân hủy protein bao gồm trypsin, chymotrypsin, pepsin, thermolysin, glutamyl endopeptidase, elastase, bromelain và papain. Trypsin, pepsin, elastase, thermolysin, glutamyl, endopeptidase và chymotrypsin được tạo ra trong cơ thể con người. Bromelain đến từ dứa và papain đến từ đu đủ. Các enzym này được gọi là protease.
Các enzym được tạo ra trong cơ thể thường phá vỡ liên kết của các chuỗi peptit dài và chuyển chúng thành các chuỗi nhỏ hơn. Các chuỗi peptit lớn quá lớn để có thể hấp thụ qua ruột non, nơi diễn ra nhiều quá trình tiêu hóa.
Mỗi protease cắt các liên kết tại một điểm nhất định trong chuỗi peptit và mỗi liên kết hoạt động tốt nhất ở một độ pH nhất định. Ví dụ, chymotrypsin hoạt động tốt nhất ở pH8, hơi kiềm. Pepsin hoạt động tốt nhất ở pH2, có tính axit cực cao. Điều này là do pepsin được giải phóng bởi các tế bào trong dạ dày, nơi thức ăn được chế biến trong bể chứa các enzym và axit clohydric. Tuy nhiên, trypsin và chymotrypsin được sản xuất trong tuyến tụy và được tiết vào ruột non.
Bromelain được tìm thấy trong quả và thân của quả dứa. Bromelian và papain được sử dụng làm chất làm mềm thịt và làm chất bổ sung để điều trị các tình trạng y tế như chấn thương thể thao và vết thương.