Sự khác biệt chính giữa prophase I và prophase II là quá trình tái tổ hợp di truyền xảy ra trong prophase I, nhưng không lặp lại trong prophase II. Trong prophase I, các cặp tương đồng đã nhân đôi xếp hàng và bắt chéo qua, là quá trình các chromatid trao đổi thông tin di truyền. Bởi vì quá trình này xảy ra trong prophase I, nó không cần lặp lại trong prophase II.
Giai đoạn I và II là giai đoạn đầu tiên của quá trình meiosis hai giai đoạn, là giai đoạn phân chia tế bào chịu trách nhiệm sản xuất các tế bào giới tính hoặc giao tử tạo ra sự biến đổi di truyền. Các giao tử tạo thành mỗi giao tử có một nửa vật chất di truyền từ tế bào mẹ ban đầu. Theo Prentice Hall, trong prophase I, hai chromatid không phải chị em xếp hàng để tạo thành một tetrad và trao đổi thông tin di truyền. Bởi vì mỗi chromatid không phải chị em là từ tế bào cha và tế bào mẹ, biến thể di truyền được tạo ra khi mỗi tế bào lai hoặc trao đổi thông tin với tế bào kia. Do thời gian của quá trình này, prophase I tiêu thụ 90% thời gian của một quá trình meiosis gồm hai phần; do đó, prophase I dài hơn prophase II đáng kể.Trong quá trình prophase II, xảy ra trong giai đoạn thứ hai của quá trình meiosis được gọi là meiosis II, lớp vỏ nhân bị phá vỡ và bộ máy trục chính hình thành. Sau đó, các nhiễm sắc thể bắt đầu di chuyển xuống trung tâm của tế bào. Những quá trình này cũng xảy ra trong quá trình tiên tri I.
