Phôi thai học so sánh là nghiên cứu khoa học về sự tương đồng về cấu trúc giữa các phôi thai của các loài khác nhau, gợi ý mối liên hệ có thể có với tổ tiên chung. Các mô hình phát triển ban đầu được đối chiếu và so sánh để điều tra các mối quan hệ có thể có giữa các sinh vật đã tiến hóa.
Các nhà khoa học đã xác định rằng phôi thai trải qua một loạt quá trình tiến hóa trước khi trở thành hình dạng ngày nay của một loài. Bất chấp sự khác biệt rõ rệt của các sinh vật khác nhau ở trạng thái trưởng thành, các nhà phôi học so sánh khẳng định rằng phôi của những sinh vật này thường chứa các đặc điểm cấu trúc giống như tổ tiên chung của chúng. Trải qua một loạt các giai đoạn tiến hóa, những cấu trúc giải phẫu của tổ tiên này dần biến mất khi sinh vật phát triển và trưởng thành.
