Phản ứng chuỗi polymerase lồng nhau, hoặc PCR lồng nhau, là một sự thay đổi của phản ứng chuỗi polymerase tiêu chuẩn với mục đích hạn chế ô nhiễm. CLCSupport giải thích rằng sự nhiễm bẩn xảy ra do liên kết không xác định trong các sản phẩm .
Sự liên kết như vậy xảy ra khi các vị trí liên kết mồi không mong muốn được khuếch đại. Điều này được gọi là ghi sai. Ý tưởng đằng sau việc làm tổ, như Trung tâm Thông tin Công nghệ Sinh học Quốc gia giải thích, là xem xét các phần bên ngoài của chuỗi polymerase để tìm các mảnh lớn. Các đoạn này chứa các đoạn nhỏ mong đợi và có thể được khuếch đại mà không tạo ra sự mơ hồ. Sau khi các mảnh bên ngoài được khuếch đại, những mảnh bên trong sau đó có thể được khuếch đại với ít ô nhiễm hơn nhiều.
