Liệu pháp nhân văn dựa trên tâm lý nhân văn, có nhược điểm là thiếu kiến thức cụ thể về các phương pháp điều trị cụ thể, không có khả năng giúp những bệnh nhân đang gặp phải các vấn đề nghiêm trọng hơn và phụ thuộc vào các khái niệm chung, theo AllPsych. Nhiều người chọn sử dụng liệu pháp nhân văn làm nền tảng cho sự thay đổi ở bệnh nhân, mặc dù một số người nhận thấy rằng liệu pháp nhân văn không đủ như một phương pháp điều trị độc lập.
Tâm lý học nhân văn chủ yếu dựa trên ý tưởng về ý chí tự do của bệnh nhân. Do đó, liệu pháp nhân văn thường không hiệu quả trong việc phát triển các kỹ thuật điều trị cụ thể cho các vấn đề cụ thể của bệnh nhân. Cũng rất khó để đánh giá hiệu quả của liệu pháp nhân văn với cùng mức độ nghiêm ngặt mà các kỹ thuật trị liệu khác có thể được đánh giá.
Liệu pháp nhân văn hoạt động tốt nhất khi được sử dụng để giải quyết các vấn đề nhỏ liên quan đến bệnh lý hoặc tính cách của bệnh nhân. Nó mang lại một bất lợi nghiêm trọng khi được sử dụng để điều trị một bệnh gì đó nghiêm trọng và lan tràn như bệnh tâm thần phân liệt.
Một nhược điểm quan trọng của liệu pháp nhân văn là nó dựa trên nhiều khái niệm chung về hành vi của con người. Nó giả định rằng mọi người đều có khả năng thực hiện các hành động đạo đức và tất cả mọi người đều sẵn sàng hành động theo hệ thống phân cấp nhu cầu của Maslow. Liệu pháp nhân văn không tính đến những cá nhân hành động chống lại lợi ích tốt nhất của họ. Điều này khiến liệu pháp gặp bất lợi so với các kỹ thuật trị liệu khác.
