Thực phẩm bị hư hỏng là do vi khuẩn, nấm men, nấm, các enzym của chính thực phẩm, côn trùng, sự dao động nhiệt độ và quá trình oxy hóa. Khi ăn, thực phẩm bị hư hỏng do vi khuẩn hoặc các vi sinh vật khác gây ra con người.
Kiểm soát nhiệt, độ ẩm và độ pH giúp hạn chế sự hư hỏng bằng cách ngăn chặn sự phát triển của vi sinh vật và làm chậm quá trình phân hủy tự nhiên của thực phẩm. Việc nấu chín thức ăn sẽ khử hoạt tính của các enzym và tiêu diệt vi khuẩn và nấm, nhưng quá trình này chỉ tồn tại vĩnh viễn đối với các enzym. Vi khuẩn và nấm sẽ tái nhiễm vào thực phẩm đã nấu chín trừ khi thực hiện các biện pháp ngăn chặn sự quay trở lại của chúng, chẳng hạn như kiểm soát nhiệt độ và độ ẩm.
Những thay đổi do enzym, quá trình oxy hóa, nhiệt độ thấp hoặc ánh sáng gây ra thường là thẩm mỹ. Chúng gây ra những thay đổi không mong muốn về hương vị, kết cấu hoặc hình thức của thực phẩm, nhưng không làm cho thực phẩm không an toàn để ăn. Ngoại trừ tổn thương do nhiệt độ thấp, tổn thương này xảy ra trong điều kiện cho phép vi sinh vật phát triển; thực phẩm cũng có thể bị nhiễm vi khuẩn hoặc nấm mốc và không an toàn để ăn vì lý do đó. Tổn thương do nhiệt độ thấp là một ngoại lệ vì nó chỉ xảy ra trong các điều kiện ức chế sự phát triển của vi sinh vật.
Các loại thực phẩm khác nhau dễ bị hư hỏng hơn. Sự phát triển của vi khuẩn phổ biến nhất trong thực phẩm có hàm lượng axit thấp, protein cao như thịt và các sản phẩm từ sữa, trong khi sự phát triển của nấm men xảy ra trong thực phẩm có hàm lượng đường cao. Cả nấm mốc và nấm men đều có khả năng làm hỏng thực phẩm có hàm lượng axit cao, khiến chúng phổ biến hơn trong việc hư hỏng rau quả.
