Một số thành phố lớn của Đế chế Inca là Cusco, là thủ đô, Choquequirao và Machu Picchu. Cusco là trung tâm của chính phủ và xã hội Inca, và là một thành phố thiêng liêng có hình dạng của một chú chó puma.
Mặc dù nó là đế chế lớn nhất trên thế giới vào thời điểm đó, nhưng Đế chế Inca chỉ tồn tại chưa đầy một thế kỷ khi người Tây Ban Nha xử tử vị hoàng đế cuối cùng của mình. Tuy nhiên, trong thời gian tồn tại ngắn ngủi, Đế chế Inca đã phát triển những thành phố ngoạn mục là minh chứng cho kỹ năng kỹ thuật của họ.
Cusco, thành phố thủ đô, được xây dựng xung quanh một quảng trường trung tâm với bốn con đường dẫn ra các hướng khác nhau. Địa điểm linh thiêng nhất trong thành phố là đền thờ mặt trời, từng được dát vàng.