Những lợi ích của việc sử dụng công nghệ sinh học để biến đổi gen sinh vật bao gồm tăng năng suất với chi phí giảm, giá thấp hơn, tăng sử dụng đất, giảm sử dụng thuốc trừ sâu và tăng lợi nhuận cho các công ty phát triển cây trồng. Những người phản đối công nghệ này bao gồm nỗi sợ đóng vai Chúa, lo sợ về việc liệu cây trồng biến đổi gen có bền vững hay không và lo lắng về việc phân chia lợi ích và gánh nặng.
Sinh vật biến đổi gen cho phép nông dân có năng suất cây trồng cao hơn với chi phí sản xuất thấp hơn bình thường. Điều này có nghĩa là giá cho người tiêu dùng cũng thấp hơn, vì vậy về mặt kinh tế, mô hình này có ý nghĩa. Ngoài ra, biến đổi gen mở ra khả năng biến đổi gen cây trồng để chúng có thể phát triển ở những khu vực dễ bị khô hạn hoặc có độ mặn cao trong đất. Điều này có nghĩa là nông dân sẽ có thể trồng trọt ở những khu vực mà trước đây không thể làm được, làm tăng năng suất tổng thể của cây trồng. Tương tự như vậy, khả năng cây trồng biến đổi gen có khả năng kháng sâu bệnh sẽ làm giảm việc sử dụng phân bón và thuốc trừ sâu và giảm dòng chảy có hại.
Tuy nhiên, cũng có nhiều nhược điểm đối với công nghệ này. Nhiều tôn giáo tin rằng con người có mối quan hệ tự nhiên với tự nhiên và khả năng thay đổi cấu trúc gen của một sinh vật sống làm thay đổi sâu sắc mối quan hệ này. Ngoài ra, có những câu hỏi về việc liệu thực hành này có bền vững hay không. Năng suất cây trồng có thể được tăng lên và cây trồng được trồng ở những khu vực mà trước đây chúng ta không thể làm được, nhưng vẫn chưa rõ liệu thực hành này có thực sự là điều tốt nhất cho trái đất hay nó chỉ làm cạn kiệt tài nguyên của trái đất. Ngoài ra, còn có những lo lắng về sự phân bố các tác động của công nghệ sinh học này.
