Một số khác biệt giữa các giáo phái nhà thờ là giáo phái Anh giáo và Baptist tin rằng một người nhận được sự cứu rỗi thông qua đức tin, trong khi người Công giáo tin rằng một người phải tuân theo các bí tích để được cứu rỗi. Giáo phái Chính thống giáo tin rằng mỗi người phải làm việc để có được sự cứu rỗi. Ngoài ra, các giáo phái như giáo phái Lutheran thực hành lễ rửa tội cho trẻ sơ sinh trong khi Giáo hội của Đức Chúa Trời chỉ làm lễ rửa tội cho các tín đồ Cơ đốc giáo và các thực hành tổ chức, thờ phượng và bí tích khác nhau giữa các giáo phái.
Các nhà Giám lý, Công giáo, Trưởng lão và Anh giáo rửa tội cho cả trẻ sơ sinh và các tín đồ Cơ đốc giáo trong khi các giáo phái Baptist và Hội của Chúa chỉ rửa tội cho những người tuyên xưng theo đạo Cơ đốc. Ngoài ra, các thực hành thờ phượng khác nhau giữa các giáo phái như các dịch vụ của Trưởng Lão và Chính thống sử dụng phụng vụ truyền thống và Baptists cung cấp sự thờ phượng không theo nghi lễ. Những người theo chủ nghĩa Giám lý cho phép cả việc thờ phượng phụng vụ và không phụng vụ.
Các giáo phái thực hành các bí tích khác nhau như một phần của sự thờ phượng, chẳng hạn như các giáo phái Lutheran và Methodist thực hành cả phép báp têm và Bữa Tiệc Ly của Chúa. Ngược lại, người Công giáo thực hành phép báp têm và Bữa Tiệc Ly của Chúa cũng như việc sám hối, xác nhận và xức dầu cho người bệnh. Nhà thờ Chính thống không có quan điểm chính thức về các bí tích nhưng nhiều Cơ đốc nhân Chính thống tuân theo các bí tích Công giáo. Ngoài ra, Anh giáo coi lễ báp têm và Bữa Tiệc Ly là những bí tích chính và giáo phái Anh giáo cũng bổ sung thêm các bí tích Công giáo nhưng coi các bí tích khác là nhỏ so với phép báp têm và Bữa tối của Chúa.
Tổ chức của Giáo hội cũng khác nhau giữa các giáo phái vì Giáo hội của Chúa, Giáo phái Giám lý và Trưởng lão phong chức phụ nữ nhưng các giáo phái Công giáo và Chính thống thì không. Trong Giáo hội Baptist, việc phong chức cho phụ nữ khác nhau tùy thuộc vào quyết định lãnh đạo của mỗi giáo hội địa phương. Tương tự, mỗi Giáo hội Baptist đều tự quản trong khi Giáo hoàng và các giáo sĩ khác giám sát tổ chức của Giáo hội Công giáo.
