Các khía cạnh tiêu cực của nhân bản bao gồm các biến chứng phát triển, gen bất thường và tỷ lệ thành công thấp. Cũng có khả năng một bản sao của con người không thể hòa nhập hoàn toàn vào các vai trò gia đình và xã hội.
Nhân bản phần lớn không thành công vì quá trình chuyển giao nhân tế bào xôma có vấn đề. Tỷ lệ thành công tổng thể cho một lần chuyển giao hạt nhân là từ 0,01 đến 3 phần trăm. Cũng có tỷ lệ thất bại cao đối với các trường hợp mang thai xuất phát từ việc nhân bản. Một yếu tố rủi ro khác là trứng và nhân không kết dính để hoàn thành quá trình nhân bản.
Động vật được nhân bản có xu hướng lớn hơn các động vật không được nhân bản của chúng. Đây được gọi là Hội chứng Con cái Lớn và những con vật mắc phải chứng bệnh này dễ bị tổn thương các cơ quan lớn, gây ra các biến chứng về hô hấp và chảy máu. Động vật nhân bản cũng gặp các vấn đề về miễn dịch, não và thận.
Ngoài ra còn có xác suất nhân bản già đi nhanh hơn do một hạt nhân được chuyển giao đã mòn. Các nhà khoa học lo ngại rằng các nhiễm sắc thể có thể có các đặc tính bị tổn thương dẫn đến tăng cường lão hóa. Các chuyên gia cũng cảnh báo về những biến chứng phát triển có thể phát sinh từ vấn đề này.
Nhiều người đặt ra câu hỏi về các dị tật có thể xảy ra trong quá trình nhân bản người và nhân bản người đặt ra một số câu hỏi đạo đức nhất định. Ví dụ, những người phản đối cho rằng nhân bản của con người thực sự sẽ không có quyền tự quyết bởi vì chúng sẽ hoạt động giống như bản gốc di truyền của chúng.
