Vi khuẩn probiotic có lợi vì chúng bảo vệ cơ thể bằng cách kiểm soát các mầm bệnh có hại, chẳng hạn như nấm candida. Chúng cũng kích thích hệ thống miễn dịch luôn sẵn sàng chống lại các sinh vật gây bệnh có hại và chữa lành niêm mạc ruột.
Cơ thể con người chứa khoảng 7 pound vi khuẩn có lợi, chủ yếu ở trong ruột. Bên cạnh vi khuẩn tiêu hóa như Acidophilus, các vi khuẩn khác có một số chức năng trong cơ thể. Cyanocobalamin giúp sản xuất vitamin B12. Streptococcus mutans được tìm thấy trong miệng và giúp chuyển hóa đường thành axit lactic.
Các loại vi khuẩn có lợi khác như Bacillus subtilis có trong đất để hỗ trợ sự phát triển và sức khỏe của cây trồng. Bacillus thuringiensis là một loại vi khuẩn được sử dụng làm thuốc trừ sâu tự nhiên cho muỗi và sâu bướm.