Trùng roi di chuyển theo chuyển động xoắn ốc về phía trước được hỗ trợ bởi nhịp đập phối hợp của hai roi khác nhau phóng ra khỏi cơ thể sinh vật. Một trùng roi nhô thẳng ra từ đầu sau và các vòng tròn khác ở giữa tế bào.
Trùng roi uốn lượn quanh phần giữa của một vi trùng roi được gọi là trùng roi ngang, và nó nằm trong một rãnh dọc theo bề mặt của sinh vật gọi là cingulum. Trùng roi ngang có dạng dẹt, chỉ có các mép ngoài đập. Chuyển động sóng truyền từ gốc roi đến đầu mút. Sự di chuyển của trùng roi ngang đẩy bạch cầu về phía trước và cũng tạo điều kiện thuận lợi cho việc quay đầu.
Trùng roi sau, hay trùng roi dọc, bắt đầu trong màng tế bào, kéo dài xuống một rãnh về phía sau của sinh vật và kéo dài ra phía sau cơ thể của vi trùng roi. Trùng roi này đập chậm và đều đặn để đẩy sinh vật về phía trước.
Chuyển động đập của roi trên trùng roi được thực hiện nhờ cấu trúc vi ống bên trong mỗi trùng roi. Các vi ống được sắp xếp trong một ống gồm chín cặp với hai ống đơn nằm ở trung tâm của ống. Chuyển động được bắt đầu khi các đôi vi ống bên ngoài trượt vào nhau và chuyển động này được cung cấp bởi ATP.
