Bởi vì chúng không có lỗ mở riêng biệt để sinh sản và bài tiết, phần mở sau ruột sau trong hệ thống bài tiết của cá mập được gọi là tắc nghẽn chứ không phải là hậu môn. Trong hệ tiêu hóa của cá mập, thức ăn đi qua một đoạn ruột ngắn duy nhất và sau đó được tống ra ngoài qua ống tắc.
Ở cá mập, thức ăn đầu tiên đi qua thực quản, nơi những phần mở rộng giống như ngón tay ngăn thức ăn thoát ra ngoài. Bụng của cá mập có hình chữ J và dài khoảng 20% chiều dài của chúng. Các cơ thành dạ dày có các tế bào sản xuất axit clohydric làm mềm và hòa tan xương, và chất nhầy để bảo vệ niêm mạc dạ dày. Các vòng cơ trên thành dạ dày thực hiện nhu động để trộn và phân hủy thức ăn. Ruột là nơi hấp thụ chất dinh dưỡng. Ở người, ruột ngắn và dài kết hợp dài khoảng 28 feet, trong khi ruột của cá mập chỉ dài một feet, nhưng rộng hơn nhiều. Ruột của cá mập hoạt động rất chậm để tiêu hóa thức ăn. Con người có thể bỏ thức ăn chỉ 4 giờ sau khi ăn, nhưng ở cá mập, quá trình này có thể mất từ 16 đến 17 giờ.
Một phương pháp khác mà cá mập sử dụng để loại bỏ chất thải là quay bụng từ trong ra ngoài. Khi có chất khó tiêu trong dạ dày, nó sẽ đẩy dạ dày từ trong ra ngoài qua đường miệng, rửa dạ dày bằng nước biển và rút về vị trí bình thường.
