Động vật ăn tạp sống trên các rạn san hô bao gồm cá, cua và các loài giáp xác khác. Cá hô ăn tảo và động vật, trong khi cua ăn tảo, vi khuẩn, nấm, nhuyễn thể và giun. Chế độ ăn của cua cũng bao gồm mùn bã và các loài giáp xác khác.
Các loài động vật được gọi là polyps san hô thống trị các hệ sinh thái rạn san hô và tạo nên cơ sở cấu trúc của rạn san hô. Động vật có xương sống, hoặc động vật có xương sống và động vật không xương sống, hoặc động vật không có xương sống, là hai nhóm động vật chính sống trên các rạn san hô.
Động vật giáp xác rạn san hô lớn hơn bao gồm cua, tôm hùm và tôm, trong khi những loài nhỏ hơn bao gồm động vật chân đốt, động vật chân đốt và động vật chân cụt. Các loài giáp xác được đặc trưng bởi một bộ xương có khớp nối bên ngoài và các phần phụ ghép nối giúp chúng có thể di chuyển và ăn mồi. Một số loài giáp xác là động vật ăn tạp, nhưng những loài khác là động vật ăn thịt hoặc ăn xác thối tích cực.
Cua sống trên rạn san hô thường ở bên trong cấu trúc rạn vào ban ngày. Một số loài cua đá ngầm đóng góp vào sức khỏe rạn san hô bằng cách làm sạch các đàn san hô cứng. Chúng loại bỏ các sinh vật có hại, chẳng hạn như ký sinh trùng, từ cơ thể của vật chủ.
Cá rạn san hô săn mồi trên nhiều loài giáp xác khác nhau. Khoảng 1.000 loài cá bống ăn thịt các động vật nhỏ sống ở tầng đáy, bao gồm cả tôm và giun. Cá đuối ăn thịt động vật phù du lơ lửng trên san hô. Cá vẹt và cá phẫu thuật gặm tảo trên các rạn san hô, do đó làm sạch bề mặt và cho phép các loài động vật thuộc địa khác nhau sống trên các rạn san hô.
