Cây phong Nhật Bản dễ bị nhiễm các bệnh như thán thư, héo verticillium, đốm hắc lào, đốm lá, cháy lá và thối rễ. Một số bệnh này có khả năng gây chết người, trong khi những bệnh khác thường vô hại và chỉ đơn thuần là mỹ phẩm.
Bệnh héo rũ Verticillium là một trong những căn bệnh nguy hiểm nhất trên cây phong của Nhật Bản. Nó do một loại nấm sống trong đất gây ra, rất khó diệt trừ. Nấm tấn công cây thông qua rễ, đôi khi ảnh hưởng đến một bên của cây trong khi vẫn còn nguyên vẹn bên kia. Bệnh héo Verticillium ức chế dòng chảy của nước đồng thời tạo ra độc tố. Các lá có rìa màu nâu nhỏ hơn bình thường, sau đó héo và rụng. Cuối cùng cây chết. Một số cây phục hồi khi các chi bị ảnh hưởng được cắt tỉa. Cách tốt nhất để ngăn ngừa bệnh là kiểm tra đất để tìm nấm trước khi trồng trong khu vực đó.Bệnh thán thư biểu hiện đầu tiên dưới dạng các đốm nâu trên lá. Cuối cùng cây phát triển các vết chai trên cành và thân của nó. Đây là những vùng chết bao quanh cây và đôi khi giết chết nó. Bệnh thán thư cũng do nấm gây ra, nhưng xới lá hư hại, bón phân, tưới nước và phun thuốc trừ nấm là những bước hữu hiệu giúp cây phục hồi.
Bệnh thối rễ làm cho lá bị biến màu, đóng hộp và phát triển còi cọc và cuối cùng có thể gây chết người. Bệnh đốm đen, đốm lá và cháy lá đều là những bệnh có ảnh hưởng đến hình thái của lá nhưng không gây hại cho cây. Xới bỏ lá rụng và phun thuốc diệt nấm giúp kiểm soát những bệnh này.
