Có nhiều mối đe dọa môi trường đối với quần xã rừng taiga, bao gồm các hình thức ô nhiễm, phá rừng và khai thác mỏ. Quần xã rừng taiga là nơi sinh sống của nhiều loài động vật đang bị đe dọa bởi những mối đe dọa môi trường này như loài Siberia đang có nguy cơ tuyệt chủng sếu, Amur và hổ Siberia.
Các tàu chạy bằng than và dầu thường gây ô nhiễm khu vực địa lý này. Lượng khí thải này cũng đang tăng lên do sự mở rộng của các thành phố và thị trấn sử dụng các dạng nhiên liệu này. Sự cố tràn dầu thường xảy ra khi tàu chở dầu đâm vào các tảng băng trôi ở khu vực này. Khi khí thải trong không khí kết hợp với các đám mây mưa, điều này tạo ra mưa axit chảy ngược xuống quần xã sinh vật và gây hại thêm cho khu vực này.
Các nhà máy sản xuất gỗ ở rừng taiga cũng chặt phá cây với số lượng rất lớn, phá hủy ngôi nhà tự nhiên của động vật hoang dã và điều này cũng làm mất cân bằng lượng carbon dioxide trong khí quyển.
Có nhiều mỏ trong khu vực. Những quả mìn này thường được phát nổ và những vụ nổ dữ dội giết chết động vật hoang dã và phá vỡ các khu vực mà các loài động vật khác thường đến kiếm ăn. Các mỏ này cũng tạo ra một lượng lớn dung dịch kiềm, có thể lọc ra khỏi mỏ và thành nguồn cung cấp nước, làm ảnh hưởng đến độ tinh khiết của nước.
Khu vực này là nơi săn bắt chung của những kẻ săn trộm giết một lượng lớn các loài đã nằm trong danh sách các loài có nguy cơ tuyệt chủng.
