Bão có thể tàn phá các hệ sinh thái cây cối và loại bỏ tất cả các tán lá khỏi tán rừng và chúng có thể thay đổi môi trường sống nghiêm trọng đến mức các quần thể động vật bản địa phải chịu hậu quả. Các loài có nguy cơ tuyệt chủng trong môi trường sống nhiệt đới, cửa sông và ven biển đặc biệt gặp rủi ro khi có bão.
Gió từ các cơn bão mang lại tác động môi trường rõ ràng nhất. Bay qua một khu rừng nhiệt đới sau một cơn bão thường cho thấy rằng lớp tán cây đã hoàn toàn biến mất, điều này ảnh hưởng đến cuộc sống của các loài chim và động vật trước đây đã sử dụng khu vực trực tiếp bên dưới tán cây đó làm môi trường sống của chúng. Các khu vực cây cối rậm rạp, chẳng hạn như đầm lầy và đầm lầy, bị tàn phá nghiêm trọng do gió làm bật gốc và đổ cây.
Triều cường và lượng mưa đáng kể kết hợp với gió mạnh đe dọa nguồn cung cấp thực phẩm sẵn có cho những động vật còn lại không bị chết vì bão. Khi cơn bão Hugo đổ bộ vào Puerto Rico năm 1989, một nửa số vẹt Puerto Rico còn lại trên thế giới đã chết trong cơn bão. Loài Cozumel Thrasher, chỉ sống trên đảo Cozumel của Mexico, gần như tuyệt chủng sau khi cơn bão Gilbert đổ bộ vào hòn đảo này vào năm 1988.
Bão cũng làm thay đổi hình dạng cảnh quan ven biển bằng cách dịch chuyển một lượng cát khổng lồ. Các trận bão năm 2004, 2005 và 2008 đã gây ra những thay đổi lớn ở bờ biển Vịnh Mexico; giữa cơn bão Katrina và Rita, cả hai đều đổ bộ vào năm 2005, khoảng 73 dặm vuông đất liền bị biến mất ra biển.
