Bản mod Pixelmon "Minecraft" kết hợp các yếu tố xây dựng và sáng tạo của "Minecraft" với các yếu tố phiêu lưu và thu thập của "Pokémon". Người dùng có thể bắt Pokémon, huấn luyện chiến đấu hoặc khám phá thế giới Pixelmon bằng cách sử dụng bản mod.
Bước đầu tiên khi sử dụng gói mod Pixelmon là cài đặt gói này thông qua Technic Launcher hoặc Forge. Với mỗi trò chơi mới, một hộp thoại sẽ xuất hiện và nhắc người chơi chọn Pokémon khởi đầu của mình. Poké Balls và các thiết bị khác được chế tạo bằng vật liệu "Minecraft" phổ biến như thỏi sắt và nút đá.
Khi chiến đấu hoặc bắt một Pokémon hoang dã, đánh nó bằng một Quả bóng Poké được ném ra sẽ mở ra một menu chiến đấu được tạo theo phong cách của các trò chơi "Pokémon" gốc. Người chơi Pixelmon có thể tìm kiếm trên thế giới để thu thập một trong số mỗi Pokémon, chiến đấu và đánh bại những người huấn luyện khác hoặc xây dựng cấu trúc tùy chỉnh của riêng họ. Các bản đồ và thế giới Pixelmon bổ sung cũng có sẵn để khám phá.
Nếu tìm kiếm các tùy chọn chơi và mở rộng bổ sung, người chơi có thể tham gia máy chủ "Minecraft" dành riêng cho Pixelmon. Các máy chủ này cho phép nhiều người chơi tham gia cùng nhau và xây dựng, chiến đấu hoặc giao dịch. Một số máy chủ tùy chỉnh trải nghiệm Pixelmon bằng các mod bổ sung giúp loại bỏ thiệt hại khi rơi và đói, trong khi những máy chủ khác thêm mục tiêu và các cuộc thi nhóm. Máy chủ cũng cung cấp tính năng trò chuyện cởi mở với những người chơi khác và các tùy chọn giao dịch để trao đổi Pokémon.
