Năm 2000, Anna Stanley ly dị chồng, Charles Stanley, người từng là mục sư cấp cao của Nhà thờ Baptist Đầu tiên ở phía bắc Atlanta, Georgia và là người sáng lập In Touch Ministries. Họ đã kết hôn được 44 năm .
Trong đơn xin ly hôn của mình, Anna cho rằng cuộc hôn nhân của họ là "tan vỡ không thể cứu vãn". Tin tức về cuộc hôn nhân rắc rối của họ lần đầu tiên được công khai vào những năm 1990 và gây tranh cãi vì Giáo hội Baptist Đầu tiên có luật bất thành văn cấm những người đàn ông đã ly hôn trở thành truyền giáo hoặc chấp sự. Khi hai vợ chồng ly thân, Charles thề sẽ từ chức mục sư nếu ly hôn. Tuy nhiên, sau khi vụ ly hôn trở thành cuối cùng, Giáo hội Baptist Đầu tiên đã cho phép Charles Stanley tiếp tục phục vụ với tư cách là mục sư cấp cao của mình.
Hai vợ chồng có hai con với nhau. Con trai của họ, Andy Stanley, là mục sư cấp cao của Nhà thờ Cộng đồng North Point và là người sáng lập các Bộ ở North Point.
