Theo Cao đẳng Cộng đồng Portland, vi khuẩn thực sự thuộc về hai giới: Vi khuẩn cổ và vi khuẩn Eubacteria. Vi khuẩn cổ bao gồm những vi khuẩn sống trong những môi trường khắc nghiệt nhất trên Trái đất, chẳng hạn như lỗ thông hơi nhiệt. Vi khuẩn là những sinh vật phổ biến hơn, chẳng hạn như những sinh vật được tìm thấy trong hệ tiêu hóa của con người.
Hai vương quốc này chứa sinh vật nhân sơ duy nhất trong số sáu vương quốc có sự sống. Sinh vật nhân sơ là những sinh vật đơn bào không có cấu trúc gọi là bào quan trong tế bào của chúng. Tất cả vi khuẩn đều có thành tế bào và là tế bào nhỏ nhất trong số các sinh vật sống. Một số vi khuẩn tự làm thức ăn, trong khi những vi khuẩn khác phải tiêu thụ các chất trong môi trường để tồn tại. Các vi khuẩn khác nhau rất nhiều về cấu trúc và chức năng.
