Ưu điểm chính của việc bao gồm GUI với phần mềm là nó giúp đại đa số người dùng tìm hiểu và sử dụng ứng dụng dễ dàng hơn. Những bất lợi chính là nó sử dụng nhiều tài nguyên hệ thống hơn, do đó làm giảm hiệu suất tổng thể của phần mềm. Ngoài ra, GUI thường cung cấp cho người dùng khả năng kiểm soát ít chi tiết hơn đối với các hoạt động.
GUI cung cấp cho người dùng mới làm quen các dấu hiệu trực quan để giúp hướng dẫn và cung cấp phản hồi ngay lập tức cho mỗi hành động họ thực hiện. Người bình thường dễ dàng khám phá và sử dụng chức năng được xác định bằng hình ảnh, chẳng hạn như dấu chấm hỏi để biểu thị sự trợ giúp hoặc biểu tượng máy in để chỉ định chức năng in. Tuy nhiên, vì những đồ họa này, phần mềm sử dụng GUI thường chạy chậm hơn nhiều so với các ứng dụng không có lớp đó. Ngoài ra, tùy thuộc vào phương pháp được sử dụng để tạo GUI, phần mềm có thể không chạy trên các máy tính cũ hơn không có sức mạnh xử lý cần thiết hoặc các điều khiển đồ họa tương thích.
Phần mềm yêu cầu người dùng vận hành nó bằng giao diện dòng lệnh thường có đường cong học tập dốc hơn nhiều. Tuy nhiên, khi người dùng đã quen thuộc với các lệnh, nó thường chạy nhanh hơn nhiều. Một nhà điều hành có kinh nghiệm thường thấy rằng các tùy chọn có sẵn bằng cách sử dụng dòng lệnh cung cấp sức mạnh và tính linh hoạt cao hơn trong việc sử dụng phần mềm.
