Một số loài thằn lằn, bao gồm cả rồng râu, rồng uromastyx và thằn lằn lưỡi xanh, là loài ăn tạp. Hầu hết các loài khác là động vật ăn sâu bọ, ăn thịt hoặc ăn cỏ.
Hầu hết các loài thằn lằn đều thích nghi với các kiểu chế độ ăn uống chuyên biệt, tùy thuộc vào môi trường của chúng. Hầu hết các loài thằn lằn chủ yếu ăn côn trùng, nhện và các động vật không xương sống nhỏ khác. Một số loài lớn hơn, chẳng hạn như thằn lằn giám sát và rồng Komodo, là những loài ăn thịt và ăn thịt động vật chết và con mồi sống mà chúng săn và giết chính mình. Mặt khác, Iguanas là động vật ăn cỏ nghiêm ngặt và chỉ ăn thực vật. Các loài vật nuôi phổ biến khác, chẳng hạn như tắc kè, thích côn trùng và các sản phẩm tươi sống trong điều kiện nuôi nhốt.