Nguyên sinh vật phục vụ nhiều mục đích trong hệ sinh thái, bao gồm sản xuất từ 70 đến 80% lượng oxy trên thế giới, là nguồn thức ăn chính cho động vật thủy sinh và là tác nhân phân hủy chính của vật chất chết. Nguyên sinh vật có thể đo lường dài tới 300 feet, như trường hợp của loài tảo bẹ khổng lồ trong rừng tảo bẹ ở Thái Bình Dương.
Nguyên sinh vật cũng đóng một vai trò trong hệ sinh thái vì vai trò của chúng đối với bệnh tật. Một số bệnh liên quan đến họ bao gồm sốt rét và bệnh ngủ. Nguyên sinh vật cũng có thể được sử dụng để tạo ra vắc-xin cho những bệnh tương tự. Cũng có một số cách sử dụng đơn giản hàng ngày cho protists, bao gồm chất làm đặc súp, bộ lọc và các sản phẩm đánh bóng.
