Phô mai Thụy Sĩ có lỗ do các bong bóng khí cacbonic hình thành bên trong phô mai khi nó cứng lại trở thành lỗ khi phô mai được cắt lát. Một trong những loại vi khuẩn được sử dụng trong nuôi cấy pho mát Thụy Sĩ tạo ra carbon dioxide như một phần của quá trình trao đổi chất của nó.
Vi khuẩn Propionibacterium freudenreichii, là một trong số các loài vi khuẩn được sử dụng trong sản xuất pho mát Thụy Sĩ hoặc Emmentaler, tạo ra carbon dioxide từ quá trình lên men axit lactic trong khi pho mát đang đóng rắn. Vi khuẩn này được tìm thấy với số lượng lớn hơn trong các loại pho mát Thụy Sĩ và Emmentaler so với các loại pho mát khác, điều này giải thích tại sao các loại pho mát này lại nổi rõ bọt hơn so với hầu hết các loại pho mát khác.