Không phải tất cả các loài hải cẩu đều có nguy cơ tuyệt chủng, nhưng đối với nhiều loài đang bị đe dọa, có một số nguyên nhân khác nhau, bao gồm săn bắn, biến đổi khí hậu và thiên tai. Các quần thể của nhiều loài hải cẩu đã suy giảm đều đặn trong vài trăm năm qua do con người giết hàng triệu con để lấy da, thịt và lông đỏ của chúng.
Môi trường thay đổi và sự suy giảm của băng ở biển Bắc Cực do biến đổi khí hậu cũng bắt đầu tàn phá nhiều loài hải cẩu, bao gồm hải cẩu đốm, có râu, có vành khuyên và hải cẩu ruy băng. Được gọi chung là hải cẩu băng, sự suy giảm của băng biển đã dẫn đến tỷ lệ tử vong của nhộng hải cẩu cao, khiến nhiều loài trong số này có nguy cơ tuyệt chủng.
Sự cố tràn dầu, ô nhiễm và các yếu tố con người khác cũng đóng một vai trò quan trọng trong việc gây nguy hiểm cho nhiều loài hải cẩu. Các loại virus mới cũng đã tiêu diệt dân số của một số loài, chẳng hạn như hải cẩu thầy tu Địa Trung Hải, loài này đã mất hơn 2/3 tổng dân số vào năm 1997 do một loại virus. Một số loài hải cẩu cũng có khả năng đa dạng hóa di truyền thấp, khiến chúng khó thích nghi với những thay đổi trong môi trường sống.
Hải cẩu thầy tu Địa Trung Hải là một trong bốn loài hải cẩu có nguy cơ tuyệt chủng cao nhất trên thế giới, cùng với hải cẩu tu sĩ Hawaii, hải cẩu nhẫn Saimaa và hải cẩu cảng Lacs de Loups Marins, còn được gọi là hải cẩu Ungava.
