Việc săn bắt cá voi là xấu vì nó khiến các quần thể trở nên nguy cấp. Việc săn bắt cá voi cũng rất tàn nhẫn, vì các kỹ thuật săn bắt cá voi khiến cá voi bị đau đớn trong một khoảng thời gian đáng kể trước khi chết. Ngoài ra, cá voi có bộ não lớn và rất thông minh, khiến việc xem cá voi trở thành một ngành sinh lợi hơn săn bắt cá voi.
Cá voi xám ở Đại Tây Dương đã tuyệt chủng do săn bắt cá voi vào cuối thế kỷ 19. Các quần thể cá voi khác, được liệt kê là cực kỳ nguy cấp vào năm 2014, bao gồm cá voi xanh Nam Cực và cá voi xám ở Tây Bắc Thái Bình Dương. Cá voi vây, cá voi phải và cá voi sei cũng được coi là có nguy cơ tuyệt chủng. Cá nhà táng được xếp vào danh sách dễ bị tổn thương và các loài cá voi khác phụ thuộc vào các nỗ lực bảo tồn để tồn tại.
Việc săn bắt cá voi nhanh chóng làm cạn kiệt quần thể và có thể khiến một số loài cá voi tuyệt chủng hoàn toàn. Những kẻ săn bắt cá voi sử dụng những chiếc dùi nổ, thường gây thương tích hơn là giết chết cá voi, khiến chúng đau đớn trong vài phút đến vài giờ trước khi chết. Vì cá voi rất thông minh nên những người chỉ trích việc săn bắt cá voi cho rằng chúng cần được bảo vệ và không bị săn bắt.
Vì thịt cá voi mang hàm lượng chất độc cao, chẳng hạn như thủy ngân, PCB và dioxin, các chuyên gia đặt câu hỏi liệu ăn nó có tốt cho sức khỏe hay không. Hiệu quả kinh tế của việc săn bắt cá voi cũng còn nhiều nghi vấn, vì xem cá voi là một ngành du lịch trị giá hàng tỷ đô la. Nhìn chung, săn bắt cá voi mang lại ít lợi nhuận hơn nhiều và làm cạn kiệt số lượng cá voi có sẵn để quan sát.
