Các tác dụng phụ thường gặp khi điều trị giun tim bằng đường uống bao gồm tiêu chảy, nôn mửa và thiếu phối hợp cơ. Các tác dụng phụ khi điều trị giun tim tại chỗ bao gồm rụng tóc tại chỗ bôi thuốc, tiêu chảy, nôn mửa, run rẩy, thở hổn hển và chảy nước dãi. Tác dụng phụ điều trị giun tim dạng tiêm bao gồm co giật, sốc, sưng tấy, kích ứng da hoặc ngứa, tiêu chảy và nôn mửa. Rất hiếm khi chó gặp tác dụng phụ khi điều trị giun tim.
Ngoài việc gặp phải các tác dụng phụ từ việc điều trị giun tim, một số con chó cũng có thể bị phản ứng dị ứng với các thành phần trong thuốc trị giun tim. Một con chó bị phản ứng dị ứng có thể xuất hiện các triệu chứng như co giật, sốc, nổi mề đay, ngứa và sưng tấy, đặc biệt là ở vùng mặt. Những con chó bị nhiễm giun tim nặng có thể dễ bị phản ứng phụ với việc điều trị hơn.
Một số giống chó đặc biệt nhạy cảm với các thành phần hoạt tính trong hầu hết các phương pháp điều trị giun tim, ivermectin và milbemycin. Nhiều chó lai, chó trắng, chó chăn cừu Úc và chó chăn cừu có đột biến gen khiến chúng không thể loại bỏ thuốc trị giun tim khỏi não. Sự bất thường này có thể làm tăng tỷ lệ những con chó này bị co giật hoặc thậm chí tử vong do dùng thuốc trị giun tim.
Bệnh giun tim là một căn bệnh nguy hiểm được coi là bệnh đặc hữu ở nhiều vùng. Hầu hết các bác sĩ thú y cảm thấy rằng lợi ích của việc điều trị ngăn ngừa giun tim lớn hơn nguy cơ tác dụng phụ.
